早在远古时代，人们的祖先在烘火取暖的基础上，发现用兽皮、树皮包上烧热的石头或沙土做局部取暖的同时也可消除某些疼痛，通过反复实践和改进逐渐产生了热熨法和灸法。距今四千多年前，我们的祖先在劳动中发现，用石片之类的锐器刺激人体的某些部位（即“穴位”）能解除另一部位的疾痛，从而发现了经络，进而形成了经络腧穴学说。
中医典籍《黄帝内经》对火灸疗法有多处记载。《素问·异法方宜论》载：“北方者，天地所闭藏之域也，其地高陵居，风寒冰冽，其民乐野处而乳食。脏寒生满病，其治宜灸炳，故灸炳者，亦从北方来。”就提到了用加热的方法治疗“脏寒”病症。《素问·玉机真藏论》日：“是故风者，百病之长也，今风寒客于人，使人毫毛毕直，皮肤闭而为热，当是之时，可汗而发也；或痹不仁肿痛，当是之时，可汤熨及火灸，刺而去之。……弗治，肝传之脾，病名日脾风，发瘅，腹中热，烦心出黄，当此之时，可按可药可浴。……弗治，肾传之心，病筋脉相引而急，病名日瘛，当此之时，可灸可药。”对“痹、不仁、肿、痛、脾风、瘛”等多种病症运用了汤熨、灸、药浴等方法。《素问·血气形成》日：“病生于筋，治之以熨。”指出筋病可以采取热敷的方法治疗。火灸疗法的适应证包括外感病、内伤病、脏病、寒热病、痈疽、癫狂等。火灸疗法的作用具有起陷下、补阴阳、逐寒邪、畅通经脉气血等多个方面。《灵枢·背腧》还提到火灸的补泻之法：“气盛则泻之，虚则补之。以火补之者，毋吹其火，须自灭也。以火泻者，疾吹其火，传其艾须其火灭也。”并指出灸法之禁忌证为：阴阳俱不足或阴阳俱盛者、阳盛亢热及息积等。《黄帝内经》在一定程度上奠定了火灸疗法的基础，可将其看作是火疗技术的雏形。
东汉张仲景所撰《伤寒杂病论》一书，其内容以方药辨治外感热病及内伤杂病为主，对火灸疗法的应用和禁忌证有所发挥。在应用上，张仲景指出火灸疗法宜于三阴经病，或于少阴病初起，阳虚阴盛时，灸之以助阳抑阴：少阴下利呕吐，脉微细而涩时，升阳补阴；或厥阴病手足厥冷，脉促之证，灸之以通阳外达；脉微欲绝者回阳救逆。火灸疗法禁忌范围则包括太阳表证、阳实热盛、阴虚发热等。这些对后世医家都产生了重要的影响。
从两晋至唐宋，火灸疗法得到很大发展。晋代葛洪之《肘后备急方》，除继承《黄帝内经》及《针灸甲乙经》的直接灸疗外，首创隔物灸疗，包括隔盐灸、隔蒜灸、川椒灸等。其记载了蜡灸、以瓦甑代替灸器、烧艾于管巾熏灸等方法。
晋隋时期医家陈延之，是提倡火灸疗法的先驱之一，所撰《小品方》对灸疗多有论述。他指出“夫针术须师乃行，其灸则凡人便施。为师解经者，针灸随手而行；非师所解文者，但依图详文由可灸：野间无图不解文者，但逐病所在便灸之，皆良法”。
敦煌卷子本中，有《新集备急灸经》残卷、我国首部人体穴位灸疗图谱《灸法图》和《灸经明堂》，但据文体和内容来看，多为唐代或以前的作品。上述敦煌卷子均被劫往国外，目前分别收藏于法国巴黎国立图书馆和英国伦敦博物馆。
唐代名医孙思邈，在其著作《备急千金要方》和《千金翼方》中，载述了大量灸疗内容，在灸疗基础上，又增加多种隔物灸疗，如隔豆豉饼灸、隔泥饼灸、隔附片灸及隔商陆饼灸等。在灸疗范围上有较大的扩展。首先，增加了灸疗防病的内容，如《备急千金要方·卷二十九》指出：“凡人吴蜀地游官，体上常须三两处灸之，勿令疮暂瘥，则瘴疠温疟毒气不能著人也。”其次，灸治的病种较前代有所增加；另如对黄疸、淋证等温热病及消渴、失精失血之阴虚内热病症等，均用灸疗取效。这显然是对《伤寒论》某些偏颇提法的纠正，也是对灸疗法的补充和完善。
至宋代，灸法专著更不断出现，有《备急灸法》《灸膏肓俞穴法》《明堂灸经》等书。这些专著从不同角度记载和总结了古代医家火灸疗法的经验。
宋代著名针灸家王执中撰《针灸资生经》一书，亦以灸法为主，并记载了灸痨法、灸痔法、灸肠风、灸发背、膏肓俞灸疗、小儿胎疝灸等灸治之法。同时对灸感传导现象做了较深入的观察，如《针灸资生经·第四》指出“他日心疼甚，急灸中管（脘）数壮，觉小腹两边有冷气自下而上，至灸处即散”。宋代的《太平圣惠方》《普济本事方》及《圣济总录》等重要医方书中，亦多收载有灸疗内容。如许叔微强调阴毒、阴证、阳微最宜用灸的观点，创隔巴豆、黄连灸疗。另外，由于直接灸法烧灼较为疼痛，使人临医畏灸，南宋窦材在其所撰之《扁鹊心书》中，首载了“睡圣散”：服后施灸，即昏不知痛。
火疗作为火灸法的一种，据称在宋代便有记载：“以火燃遍全身，焰高三尺，后施与药帖，病愈，奔而去。”
金元时期，以针法研究应用为多，灸法的发展受到一定影响。但以金元四大家为首的不少医家，对灸法仍有巩固和完善。如刘河间不囿于仲景热证忌灸之说，明确指出“骨热……灸百会、大椎”等，并总结了引热外出、引热下行及泻督脉等诸种灸疗：罗天益则主张用灸疗温补中焦，多取气海、中脘、足三里三穴施灸，认为可“生发元气”“滋荣百脉”等；朱丹溪也有不少灸治验案的记载。另如元代名医危亦林，在其所著《世医得效方》重视对于灸后的护理：“以温汤浸手帕拭之”“以柳枝煎汤洗后灸之”。
明清时期，是我国针灸学走向成熟而又被迫衰落的时期，这一时期较为偏重针法的应用，灸疗也有一定的发展。明代著名医家张景岳，在所著《类经图翼》《景岳全书》中，辑录明以前几百个灸法验方，涉及内、外、妇、儿各科七十余类病症中，有二十类提到针灸疗法，其中涉及灸方的达十五类，并详细论述了灸法的治疗作用。明代针灸学家杨继洲在《针灸大成》第九卷，论述灸法凡四十一节，内容涉及广泛，有灸法、取膏肓穴法、发灸法及艾灸补泻等，以及灸治各种急、慢性疾病二十余种。
在施灸方法的革新上，值得一提的是艾卷灸法的创用，该法最早记载于明初朱权之《寿域神方》。明代《神农皇帝真传针灸图》一书中，首次提到了掺入药品的艾条灸疗，名为火雷针，后又命名为“雷火针”。这是艾条灸的进一步发展。“雷火针”后来又称“雷火神针”。这里所谓的针，其实是灸，因操作之法类似针法而命名——隔几层纸或布，实按在穴位上进行治疗。艾条灸操作方便，痛苦又较小，且可随意调节热力，故很快得以推广。故《仙传神针》中形容：
“欲求其所以治痛之神与去病之速，莫若针灸。第针砭之法，有用铁针者，有用金石者，有用艾灸灯灼者，种种不一，虽有急救之功，恐伤肌肤，是一痛未除，又增一病，亦非善道，唯有雷火针一法，针即非铁，且不着肉，最为善治。”在施灸的方法上，此时又出现一种叫“太乙神针”的掺药艾条灸疗。清代《太乙神针心法》一书，在雷火针的基础上，加减了一些药物，称之为“太乙神针”，两者均用于风寒湿痹、寒性腹痛等证。太乙神针用法与雷火神针相同，但在处方中不用毒性较大的药品，药性平和，适应证也比雷火神针广泛。其后，赵学敏又创出了“百发神针”用治偏正头风、漏肩风、鹤膝风、半身不遂、疝气等：“消癖神火针”用治偏食、消瘦、积聚痞块；“阴证散毒针”用治痈疽证等病。
除了以艾为主的施灸方法之外，明清时期还创出了其他的一些灸法。如“灯火灸”，系指用灯草蘸油点燃直接烧灼穴区肌肤的一种灸法。“阳燧灸”是利用铜镜集聚日光作为施灸热源。“桃枝灸”又名“神火灸”，用法与“雷火神针”相似，用桃枝蘸麻油点燃后吹灭，趁热垫棉纸三、五层熨灸患处，治心腹冷痛、风寒湿痹。另如鸡子灸、碗灸、麻叶灸、桑枝灸等。鸡子灸法为“鸡子煮熟，对劈去黄，用半个合毒上，以艾灸”；桑枝灸又名“桑枝针”，即用桑枝点燃吹熄后用火头灸患处。
清代，是对我国灸疗法的总结时期，其中较有代表性的是清代吴亦鼎所撰的《神灸经纶》一书。该书全面总结了清代以前有关灸法的理论和实践，参合了不少作者本人的临床经验，是一本集大成式的灸法专著。另如清代廖鸿润的《针灸集成》也收载了大量灸疗的历代文献，予以分类编排，对“发灸疮法”“疗灸疮法”“调养法”等都做了详细介绍。清代中后期，由于统治者的偏见，针灸疗法受到了限制。清代后期的统治者认为“针刺火灸，究非奉君之所宜”，明令太医院等官方机构废止针灸，导致了整个针灸学的衰落。但是，由于灸法简便易行，安全效佳，经济实用，深受百姓的欢迎，故在民间仍广泛流行，使得灸法不但得以保存下来，还得到了一定的发展。火疗作为灸疗的一种表现形式，因其既取灸疗的温热之法，又避免了艾柱与人体直接接触的灼伤之苦，且治疗面积远大于艾条，再加之配合火疗药液，故效果独特，由此继续在民间流传。
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