鸦片战争以后，西学东渐加速，西医在中国迅速发展，东西方两种异质医学矛盾日益激化，从北洋政府“教育系统漏列中医案”，到民国政府的“废止旧医（中医）以扫除医药卫生之障碍案”，废止中医的声音就不绝于耳。为了挽救中华民族这份宝贵的医药文化遗产，中医界除了组织请愿团进行抗议外，中医界吸收了西医的一些做法，开办新式学校，创办中医学社，发行中医刊物等等，学术上，吸收西医的先进成果，其中突出的特点是针灸著作中，开始使用现代解剖术语。

新中国的建立，中医获得了新生，针灸也得到了全面发展，特别是在针灸作用机理方面做了大量的研究，它以针刺镇痛机制研究为先导，揭示了针灸作用机理的部分环节，其成果为国际学术界所公认，使针灸学率先在中医学现代化方面取得重大进展。迄今，针灸学已走向世界，成为世界医学不可分割的组成部分。主要表现在：针灸与现代科技相结合，研制出了许多新的针灸器具，丰富了针灸疗法；开展了针灸作用机理和针灸理论的实验研究，其中针麻的机理研究取得了骄人成果；建立了现代化的教育教学制度；有组织、有计划的开展了针灸腧穴命名、定位、主治及针灸临床研究规范等针灸标准化的研究。

在清代早期，针灸学的发展呈现出“由博返约”的趋势，针灸朝简单、安全的方向发展，与明代针灸“综合”、“汇集”、“神秘”的总特点形成鲜明对比。突出表现在以下两个方面：其一，改进针灸方法，简化操作程序，减轻病人痛苦，在保持原有疗效的基础上，提高针灸的安全度。其二，针灸著作简明、通俗，图文对照，易读易学。可以看出，清代医家努力将明代被神秘化、复杂化了的针灸重新回复其简单、实用的特点。

明代的针灸学发展主流表现在对于前代或前人针灸文献的汇编整理，出现了四部集成性的针灸全书——《针灸大全》、《针灸节要聚英》、《针灸大成》、《类经图翼》；同时四部大型综合性医书——《普济方》、《医学纲目》、《奇效良方》、《古今医统》中也均设有针灸专篇，汇集历代针灸文献。这些针灸著作有一个突出的特点就是普及性，表现为大量针灸歌赋的出现，并总结出许多简便易行的灸法。

这一时期的针刺手法记述，出现繁琐玄隐的特性，在临床上“动辄以袖复手，暗行指法”，虽然也有医家反对这种做法，但是人为徒增名目，使针刺手法神秘化，是这个时代的另一倾向。

宋代针灸文献特点主要体现在腧穴文献方面。首先于宋初太平年间，在系统整理前代针灸腧穴文献的基础上，编成《针经》、《明堂》各一卷，载于大型官修医书《太平圣惠方》中。之后，于天圣年间，王惟一又奉敕编成《铜人腧穴针灸图经》三卷，铸成针灸铜人模型两具，宋代的针灸学朝向规范化的方向发展：出现了中国历史上第一部针灸腧穴的国家标准，统一了腧穴归经、定位，规范了腧穴主治病症，成为当时针灸教育和临床的依据；绘制了最典型、最完整的经络图——《存真环中图》；出现了系统总结针法的《素问》遗篇——《刺法论》，后经元代窦太师提炼，形成刺法的规范。

这一时期在临床方面，涌现出了大批的针灸名家，如王执中、窦汉卿、马丹阳等，他们各具特色，各有绝学。为人所熟知的金元四大家同样精于针灸，其著作中关于针灸的论述也甚为精辟。

针灸理论在继续发展。晋朝时皇甫谧类集黄帝三经——《灵枢》、《素问》、《黄帝明堂经》而编成《针灸甲乙经》，成为最早的针灸学专著，也成为黄帝针派之正脉。另一方面，针灸名医诸家也不断总结前人和自己的临证经验，新的“明堂”著作（如《扁鹊针灸经》、《华佗针灸经》、《龙衔素针经》、《金腾灸经》、《释僧匡针灸经》等）不断问世。这些腧穴著作在定位、归经、主治以及刺灸方法上均有不同特点而各自成一家之言。

针灸治疗方面，有倡导“针不可灸”、“针灸并用”，更有“针可以杀生人，不可起死人”而弃针言灸者。就针刺而言，又有“火针”与“白针”并举，“气针”与“血针”并重；而灸疗方面，则出现了隔蒜、隔盐等多种隔物灸，灸法得到很大地发展；另外，这一时期，在某些专病如痨病、黄病、癫狂的针灸治疗上有较大进展，出现了针灸治疗专病的专书或专篇。